コンビニ店舗に同一あて先の荷物2個を差し出す際に、複数口の専用ラベルではなく、元払ラベル二枚に記入して持ち込んだ場合、複数口の割引は適用されますか？

適用されません。コンビニ店舗のレジのシステム上、複数口割引を適用させるには複数口の専用ラベルを利用する必要があります。あて先が同じでも元払ラベル二枚を利用された場合は、1個目に差し出されたゆうパックのラベルを使用し、2個目のゆうパックについて同一あて先割引が適用となります。（その場合、2個目に差し出されたゆうパックのラベルは、次回ご利用の際に、同一あて先割引にご利用いただけます。）